南京审计大学金融工程实验室（以下简称“本实验室”）的前身是成立于2006年的金融实验室，在江苏省财政、江苏省教育厅及财政部中央与地方共建项目支持下，学校于2011年组建金融工程实验室。2014年，在江苏省教育厅支持下，本实验室获批为江苏省重点实验室。

在实验室建设过程中，学校整合了江苏省高校实验教学示范中心（2009）、江苏省高校哲学社会科学重点研究基地——金融风险管理研究中心（2011）、学校金融工程研究中心（2009）、江苏省统计科学研究基地（2009）等资源，在金融统计、风险管理与精算学、金融衍生品计算与分析、金融大数据处理方法与技术、金融风险管理与控制、金融审计、金融市场与量化投资等领域逐步形成较稳定的研究方向。

经过多年的建设与发展，本实验室形成了以江苏特聘教授为首席科学家的金融学、金融统计、风险管理与精算学、审计学、应用数学、计算机科学、管理科学与工程等多学科合作的优秀科研团队，建立了与江苏弘业期货股份有限公司、中国工商银行南京分行、海通证券江苏分公司、南京银行、中国人民财产保险股份有限公司江苏省分公司、加拿大圣玛丽大学等国内外金融机构和大学的合作机制，积累了前期研究成果，为本实验室建设与发展打下了坚实的基础。